Japánban, Honshu sziget középső részén, a szigetet keresztirányban átszelő nagy törésöv, az. ún. Fossa Magna húzódik. A bonyolult szerkezet következtében változatos domborzat alakult ki: az „árok” vonalában igen erősen összetört, 2000 m-t meghaladó magasságú vulkánokkal koszorúzott hegységek emelkednek, köztük pedig kisebb, durva törmelékekkel kitöltött szerkezeti medencék (mint pl. a Kofui- és az Uedai-medence) sorakoznak.

A Fossa Magna peremén található a szigetvilág leghatalmasabb vulkánja és egyben legmagasabb (3776 m) pontja, a Fuji-san* (Fudzsi-szan) vagy röviden Fuji.

A közel tökéletes kúp formájú, 35 km átmérőjű tűzhányó különlegessége, hogy kőzetanyaga bazaltos jellegű.

A Fuji tulajdonképpen több rétegvulkán egymásra, ill. egymásba épülése révén jött létre. A legidősebb (kb. félmillió éves) egy eltemetett sztratovulkán, a Komitake; erre települt a Ko (azaz Ó)-Fuji, amely kb. Kr.e. 80 000-10 000 között pár száz éves szünetekkel folyamatosan működött, végül erre a mai Shin (Sin, azaz Új)-Fuji, amely kb. 5000 éve hasonlóképpen hosszú nyugalmi periódusokkal, de lényegében folyamatosan aktív. Egyes számítások szerint az elmúlt 80 000 év alatt a Fuji mintegy 400 km3 vulkáni kőzetet „termelt”. A japánok által szentként tisztelt tűzhányó központi krátere 700 méter átmérőjű és 200 méter mély. Oldalain kb. 60 parazitakráter nyílik [sok kutató ezért is az „Etna-típusú” vulkánok közé sorolja]; az északiból kifolyt láva gátolta el azt az öt gyönyörű tavat, amelyek északon a Fujit félkörben övezik. A legnagyobb mellékkráter délkeleten található, ez a „háromfejű” Ashitaka-yama (Asitaka-jama, 1187 m), mely tisztán lávából épül fel.

A vulkán a legutóbbi 1200 évben 13 alkalommal működött. Különösen 800-ban volt nagyon heves kitörése, amelynek során 35 napon át folyt a láva a központi kráterből; a lávafolyamok nagy területen ma is tanulmányozhatók. A legutolsó kitörése 1707-ben volt. Akkor egy parazitakráter – a Hoei-san a délkeleti lejtőn – nyílt meg, és a kitörés nyomán 0,85 km3 tömegű tefra fedte be a vulkántól keletre eső területeket. Aktivitása ma ugyan mindössze gázexhalációkban nyilvánul meg, de szinte biztos, hogy csak alszik, hiszen két kitörési időpont között is (pl. 1083-tól 1511-ig) hosszú nyugalmi szakaszok jellemezték.

A Fuji meredek, 20-35°-os lejtőin gyakoriak a csuszamlások, sőt az erdőhatár (2500 m) fölött télen lavinák is sokszor keletkeznek. A lepusztulás mértéke jelentős, a hegy oldalába sokfelé mély eróziós barázdák és völgyek mélyülnek, melyek már a kráterperemen megkezdődnek. A zarándokok és turisták százezrei is szerepet játszanak a nagyon erős erózió kialakulásában. Érdekesség még, hogy a hegy oldalában szép lávacsatorna- és gázexplóziós barlangok is tanulmányozhatók, a leghosszabb mintegy 1300 méter.